Спеціалізована антикорупційна прокуратура та Національне антикорупційне бюро України провели масштабну операцію під назвою «Чисте місто», спрямовану на викриття злочинної організації, причетної до корупційних схем у земельній та бюджетній сфері столиці. За результатами слідчих дій, підозру отримав Денис Комарницький, медійно відомий колишній депутат Київської міської ради та бізнесмен, який раніше очолював фракцію «Блоку Леоніда Черновецького» у Київраді у 2008–2010 роках.
У повідомленні НАБУ зазначається, що викрито та припинено діяльність злочинної організації, один із ключових напрямів якої полягав у заволодінні цінною столичною землею під забудову та встановленні повного контролю над процедурою прийняття місцевою владою рішень щодо надання прав на землю. За даними видання «Слово і справа», серед підозрюваних крім Комарницького перебувають заступник голови КМДА Петро Оленич та голова постійної комісії Київради з питань архітектури, містопланування та земельних відносин Михайло Терентьєв. Загалом у результаті операції повідомили про підозру 10 осіб, із яких 7 учасників злочинної організації було затримано.
За даними слідства, учасники організації використовували схему, за якою знаходили перспективні земельні ділянки та реєстрували на підконтрольних осіб право власності на споруди, які насправді на цих ділянках ніколи не існували. Надалі вони подавали до міськради заяви про надання їм права власності на земельні ділянки для обслуговування цих вигаданих споруд, що дозволяло оформити землю в обхід відкритих торгів. Депутати Київради та чиновники КМДА, частина з яких входила до злочинної організації, а деякі перебували під її впливом, забезпечували ухвалення рішень про надання відповідних прав на землю, отримуючи за це неправомірну вигоду у вигляді коштів та об'єктів нерухомості.
За оцінками слідства, Комарницький вплинув на процеси всередині Київради та КМДА, включаючи дії посадових осіб, призначення на високі посади лояльних осіб, звільнення підконтрольних службовців та виділення бюджетних коштів на користь злочинної організації. За словами правоохоронців, центр ухвалення рішень у земельній сфері перемістився з офісу на Хрещатику, 36 в іншу будівлю, де питання вирішувалися за участю міських топ-чиновників та інших впливових осіб.
Протягом 2023–2024 років внаслідок діяльності злочинної організації із власності територіальної громади Києва незаконно виведено землю у центрі міста вартістю 11,6 млн грн, чим завдано збитків на цю суму. Водночас завдяки діям правоохоронців вдалося запобігти заволодінню ще шістьма земельними ділянками у столиці загальною вартістю 83,7 млн грн.
Наслідки розслідування також виявили спробу через погрози та штучні перешкоди змусити приватне підприємство у столиці припинити діяльність з торгівлі та надання в оренду приміщень з метою заволодіння його земельною ділянкою для подальшої забудови. Крім того, зафіксовано пропозицію хабара у розмірі 100 тисяч доларів США члену земельної комісії та депутату Київської міської ради.
Денис Комарницький має давні інтереси у будівельній сфері. У 2020 році народний депутат Гео Лерос передав журналістам Bihus.Info флешку з вмістом одного з робочих комп'ютерів Комарницького, який співробітники СБУ вилучили під час попередніх обшуків. На комп'ютері містилися документи, що стосуються функціонування будівельного ринку міста. З опублікованих матеріалів стало відомо, що в останні роки Комарницький був головною фігурою, яка стежить за сферами будівництва та комунального господарства в Києві. Компанії, пов'язані з ним, регулярно отримували від комунальних підприємств Києва великі підряди для будівництва та реконструкції.
Зокрема, він був бенефіціаром компанії-генпідрядника будівництва Подільського мостового переходу у Києві, кошторисна вартість якого за рішенням Київради зросла з 11,2 млрд грн до 19,9 млрд грн. Після перемоги Володимира Зеленського на президентських виборах вплив Комарницького у Києві суттєво зріс. Журналісти Bihus.Info називали його «дивлячимся Києвом від Офісу президента». Вони виявили зв'язки Комарницького та народного депутата Миколи Тищенка, які у 2020 році призвели до того, що до списку «Слуги народу» на місцевих виборах у Києві потрапили близькі до Комарницького люди, що спричинило конфлікт у самій політсилі.
У 2020 році в мережі з'явився аудіозапис телефонної розмови між заступником київського міського голови В'ячеславом Непопом та Комарницьким. У розмові Комарницький ображає і принижує Непопа, а також загрожує йому.