Конфлікт у Миколаївському національному аграрному університеті розпочався з відсторонення від посади декана інженерно-енергетичного факультету Константина Думенка. Рішення керівництва викликало студентські протести, залучення обласної державної адміністрації та скарги до прокуратури. Унаслідок цього в публічний доступ потрапили документи, які розкривали низку фінансових практик у закладі.
Найбільш проблемною схемою виявилась система медичного страхування студентів. У вересні 2013 року керівництво спочатку видало 800 студентам премії розміром понад 600 гривень, а потім змусило їх перерахувати ці кошти на добровільне медичне страхування. Студенти сплачували двома траншами по 300 гривень у вересні та грудні на рахунок ПАТ Євро-Азіатська страхова компанія «Фініст». Страховка передбачала компенсацію витрат на лікування лише за умови попереднього звернення до київського ТОВ «Олл Медікал Асистанс», яке приймало рішення про погодження чи відмову у виплаті.
Зв'язки страхової компанії викликають питання щодо можливих конфліктів інтересів. З 2012 року до лютого 2014 року керівником «Фініста» була Наталія Барсук, яка раніше очолювала правління ПАТ «Український Страховий Дім» – компанії, що входила до пулу фірм, які монополізували страхування пасажирів та працівників «Укрзалізниці» за часів президентства Віктора Януковича. На «Український Страховий Дім» певний час було зареєстровано пакет акцій «Укрбізнесбанку» з групи Януковича. Наприкінці квітня 2014 року ревізором «Фініста» став Ігор Шляхтін, який володіє 9,6% акцій компанії. Раніше він обіймав посаду директора ТОВ «Нові інвестиційні технології», яке пов'язане з екс-міністром аграрної політики Миколою Присяжнюком. За даними журналістів програми «Схеми», «Фініст» також близький до Присяжнюка.
Університет застосовував й інші способи збирання коштів від студентів. Для поновлення навчання після відрахування студент мав сплатити благодійний внесок розміром 3600 гривень та вартість семестру – 1800 гривень. Абітурієнти, які вступали на старші курси після коледжів, зобов'язані були оплатити так звану академічну різницю. Студентам, які переходили з денної на заочну форму навчання, пропонувалось сплатити благодійний внесок розміром вартості семестру на рахунок Фонду «Університет ХХІ століття».
Значна частина цих платежів надходила не на рахунок університету, а на рахунок Фонду «Університет ХХІ століття», засновником якого є Олександр Новіков – племінник ректора Вячеслава Шебаніна та проректор з наукової роботи.
Структура управління закладом свідчить про концентрацію влади в одній родині. В університеті офіційно працюють семеро членів сім'ї ректора Шебаніна: він сам, його дочка Олена Шебаніна (професор, декан факультету менеджменту), племінники Олексій та Тетяна Шебаніни, Олександр Новіков (проректор з наукової роботи), зять Андрій Жданов (старший науковий співробітник), а також, ймовірно, дружина ректора Людмила Шебаніна (старший науковий співробітник). За даними видання, дружина та племінники ректора в університеті з'являються рідко.
Родичі першого проректора Дмитра Бабенка також займають посади в закладі. Його син Микола Бабенко офіційно працює на півставки доцента, хоча, за інформацією видання, не читав жодної пари. Водночас він очолює миколаївський філіал «Надра Банку». Дружина першого проректора Лідія Бабенко працює гінекологом у міській лікарні та одночасно оформлена на півставки старшим науковим співробітником університету.
У ректора є два водії, один з яких записаний науковим співробітником. Особистий водій працює й у доньки ректора, хоча для посади декана такої посади не передбачено. Офіційно він оформлений майстром виробничого навчання кафедри загальнотехнічних дисциплін. Більшість працівників університетської кухні одночасно значаться лаборантами та старшими лаборантами різних кафедр.
Матеріали про схеми в університеті були викладені на місцевому сайті «Zerkalo.mk.ua». Редакція звертає увагу на те, що подібні практики можуть існувати й в інших регіональних закладах освіти.